Nació en Mendoza en 1759, cuando esta región aún pertenecía a la Capitanía General de Chile, hijo de Juan Martínez de Soto y Rozas y de Maria Prudencia Correa y Villegas. Estudia en el Colegio Nacional de Monserrat de Córdoba, donde curso filosofía y teología. En 1780 se traslada a Santiago de Chile para terminar sus estudios de Jurisprudencia civil y canónica en la Universidad de San Felipe. En 1781 se le dio el grado de bachiller en ambas facultades. En 1784 obtuvo de la Real Audiencia el título de abogado y en 1786 se graduó de doctor en cánones.
Inmediatamente después de obtener el bachillerato, consiguió la cátedra de filosofía del colegio Real de San Carlos. También dio lecciones de Física experimental, hasta la época no enseñadas en Chile. Adquirió grandes conocimientos en el manejo del francés, que le permitió leer y conocer las obras de Rousseau y Montesquieu.
En 1787 se integró a la Academia de Leyes, de la que fue secretario. Recibió el nombramiento de asesor letrado del entonces intendente de Concepción, Ambrosio O’Higgins. En ese puesto recorrió y organizo los fuertes de la frontera, delineo la villa de San Ambrosio de Linares e impulso la higiene en Concepción. Por sus servicios se le recompenso con el nombramiento de coronel y comandante del escuadrón de caballería de milicias regladas de Concepción.
Volvió a Santiago en 1786 con el cargo de asesor interino del capitán general y gobernador de Chile Gabriel de Avilés y del Fierro, pero perdió su asesoría por decisión de la corte de Madrid. regreso a su puesto de consejero letrado en Concepción, pero pronto fue separado del cargo porque se estimó que había implicancias entre sus funciones y sus actos de abogado en defensa de los intereses de la familia de su esposa, Maria de las Nieves Urrutia y Mendiburu.
Nuevamente retornó a la vida pública al asumir como gobernador Francisco Antonio García Carrasco, quien lo nombro su secretario. Defendió los derechos de García Carrasco a ese puesto y triunfo sobre las pretensiones de otros candidatos.
Gracias a su cercanía con el gobernador, lo convenció para que aumentase a 12 el número de auxiliadores regidores del Cabildo de Santiago, dando esos puestos a criollos y no a peninsulares. Aquella corporación se reveló contra el consejo de regencia, la Real Audiencia y contra el mismo, por lo que el gobernador dispuso la separación de su secretario. García Carrasco estaba lleno de críticas desde el llamado escándalo de la “scorpion”, viéndose obligado a renunciar.
Al formarse la Primera Junta Nacional de Gobierno, Martínez de Rozas fue nombrado segundo vocal. En ese momento se encontraba en Concepción, en donde procuró atraerse la voluntad del ejército de la frontera y mantuvo correspondencia con el general Belgrano y otros patriotas de Buenos Aires. Se encaminó a Santiago y llegó el 1 de noviembre donde fue recibido con grandes manifestaciones públicas. Pidió una imprenta a la junta de Buenos Aires para publicar periódicos de propaganda.
El súbito fallecimiento del presidente de la junta nacional de gobierno, Mateo de Toro Zambrano, acaecido el 25 de febrero de 1811, acrecentó el poder político que Martínez de Rozas había acumulado: Fue nombrado presidente interino de dicha junta. Envió a Buenos Aires una división auxiliar de 500 soldados del Ejército de Chile, reorganizó el personal administrativo dando preferencia a los criollos y preparó el terreno para elegir al primer Congreso Nacional.
Participó destacadamente en la convocatoria y establecimiento del Primer Congreso Nacional de Chile período en el que llegó a ser visto como líder del sector independentista y durante el cual debió enfrentar un Motín realista liderado por el coronel Tomás de Figueroa, que logró sofocar, mandando a fusilar a su instigador. Encarceló al ex gobernador García Carrasco y proscribió de la capital a los vocales de la Real Audiencia. Hizo circular su periódico, El Despertador Americano, y distribuyó el Catecismo Político Cristiano.
Posteriormente, y debido a los abusos procedurales que el sector monarquista a ultranza había cometido en el establecimiento de ese Congreso (por ejemplo, la elección de doble del número de diputados que se suponía Santiago debía elejir) condujo a la Junta de Concepción a la llamada Revolución del 5 de septiembre de 1811 en Concepción, que tuvo lugar al día siguiente de, pero sin coordinación con, el primer golpe de estado de José Miguel Carrera . Esto llevó a temores de una confrontación entre esas dos ciudades, temores que fueron resueltos rápidamente cuando ambos bandos se declararon independentistas y partidarios de un gobierno representativo.
La junta de Concepción se disolvió tras la elección del Primer Congreso Nacional. Sin embargo, tras el Segundo Golpe de Estado de José Miguel Carrera y posterior disolución del Congreso, Martínez de Rozas (que había regresado a Concepción), trabajo por la instalación de una junta provincial, de la que seria uno de los vocales, la que demando la restauración del gobierno representativo. La confrontación entre Santiago-Concepción se evitó gracias a la mediación de Bernardo O’Higgins, suscribiéndose un pacto transaccional el 12 de febrero de 1812 en el que se reconocía a la Junta de Gobierno de Concepción, se convocaba a nuevas elecciones parlamentarias y se acordaban las bases de una constitución. Sin embargo las diferencias no cesaron, el 8 de julio estallo un movimiento insurreccional, provocado por Carrera, el que disolvió la junta de Concepción, siendo arrestados los vocales. Martínez de Rozas fue llevado a Santiago, en donde Carrera lo exiliaría a Mendoza el 12 de octubre.
En Mendoza fue acogido con honores públicos, nombrándosele presidente de la Sociedad Patriótica y Literaria. Murió en febrero de 1813 retirado en la vida privada. Sus restos se sepultaron en Mendoza, y según decía su testamento se escribió de epitafio: Hic jacet Jahames de Rozas, pulvis et cenis (Aquí yace Juan de Rozas, polvo y cenizas).
En 1890 sus restos fueron llevados a Chile por orden del presidente José Manuel Balmaceda, descansando finalmente en la ciudad Santiago, en el Cementerio General. En Concepción se alza también una estatua en su honor, obra del escultor Nicanor Plaza.
